Aeon's End : Les Parias reprend le système d'Expédition introduit dans Aeon's End : Ère Nouvelle, qui permet aux joueurs de rejouer tout le contenu qu'ils possèdent sous la forme d'une courte campagne. Après chaque partie, les joueurs recevront de nouveaux trésors et des cartes de joueur qui leur permettront de devenir plus puissants. Cependant, les ennemis que les joueurs devront affronter deviennent de plus en plus forts à chaque bataille. Les parias est une nouvelle boite jouable indépendamment mais dont le contenu peut également être ajouté à toutes les autres boites de Aeon's End.